Etapa 3: Diseño del Gen
El diseño de un gen para fines de ingeniería genética se basa en otro gran descubrimiento. Este descubrimiento es la teoría conocida como 'Un gen Una enzima', originalmente propuesta por George W. Beadle y Edward L. Tatum en los años 1940’s. Los descubrimientos hechos a través de sus investigaciones fundamentaron la teoría de que un solo gen contiene la información necesaria y suficiente para instruir a la célula para la producción de una enzima (proteína) en particular. Por lo tanto, un solo gen controla la producción de la proteína Bt. Este es el llamado gen Bt.
Una vez que un gen ha sido clonado, los ingenieros genetistas empiezan la tercera etapa: el diseño del gen para que funcione dentro de un organismo diferente. Esto se hace en tubos de ensaye cortando el gen en partes con enzimas y reemplazando ciertas regiones. El primer gen Bt comercializado fue diseñado para producir niveles letales de proteína Bt contra el barrenador Europeo del maíz únicamente en los tejidos verdes de la planta (hojas, tallos, etc.). Posteriormente, los genes Bt fueron diseñados para producir niveles letales de la proteína en todos los tejidos de la planta (hojas, tallos, inflorescencia, jilote, raíces, etc.).